وتزايدت التكاليف الإجمالية لاستضافة الأولمبياد، بفعل قرار مجلس التدقيق الذي رأى أن المبالغ التي أنفقتها الدولة ومجلس الرياضة الياباني على بناء الإستاد الوطني الجديد، المكان الرئيسي للألعاب، وغيرها من الإجراءات يجب أن تُدرج في إجمالي التكاليف، لتزيد التكاليف بإجمالي 280.3 مليار ين عن الميزانية المخطط لها.
وذكرت اللجنة المنظمة للأولمبياد في تقريرها النهائي أن 640.4 مليار ين من إجمالي التكاليف البالغة 1423.8 تريليون ين تحملتها اللجنة، و596.5 مليار ين وقعت على عاتق حكومة طوكيو، و186.5 مليار ين من الحكومة اليابانية.
في غضون ذلك، خلص مجلس المراجعة إلى أن إجمالي نفقات الحكومة المركزية بلغ 364.1 مليار ين، منها 183.7 مليار ين لبرامج تعزيز الرياضيين والإجراءات الأمنية التي لم يتضمنها تقرير اللجنة، وكذلك 17.9 مليار ين للإستاد الوطني، و9.1 مليار ين لتدابير فيروس كورونا.
